در این دنباله فیلم «نابودگر کهکشان»، قهرمان ما هری ترنت در مناظر پساآخرالزمانی زمین که پر از جهش‌یافته‌ها، هیولاها و قبایل پراکنده انسانی است، سرگردان است. تلاش هری برای کمک به یک دختر جوان جهت نجات خواهرهایش، او را به سمت گروهی از جهش‌یافتگان مسلح هدایت می‌کند که توسط یک انسان دیوانه رهبری می‌شوند؛ کسی که تلاش می‌کند با تکثیر آن‌ها جهان را تسخیر کند.

یک جاسوس صنعتی برای فرار از دست ربایندگانش، یک شاتل فضایی را می‌دزدد اما متوجه می‌شود که سیستم‌های کنترل آن خراب است. او که در فضای بیرونی سرگردان شده، سفینه‌های جنگی بیگانگان را می‌بیند که به سمت زمین در حرکتند. سال‌ها بعد، وقتی مسیر پروازش دوباره او را به زمین بازمی‌گرداند، متوجه می‌شود که سیاره به طور کامل تحت سلطه بیگانگان درآمده و در اثر جنگ‌های هسته‌ای نابود شده است. او ناامید و تنها، به دنبال نشانه‌ای از حیات بشر می‌گردد و با یافتن گروهی از بازماندگان، همراه با آن‌ها برای نجات بشریت با بیگانگان می‌جنگد.